Η αρχαία Πάφου ή Παλαίπαφος, η οποία αποτελούσε στο παρελθόν το πιο ισχυρό στρατιωτικά όσο και οικονομικά Ελληνικό Βασίλειο του νησιού, είχε πάψει ουσιαστικά να υπάρχει, αμέσως μετά την καταστροφή και την ισοπέδωση του Ιερού της Αφροδίτης, που συνέβη στις αρχές του 5ου μ. χ. αιώνα και έπαψε να αποτελεί θρησκευτικό, οικονομικό, πολιτικό και πολιτιστικό κέντρο, όχι μόνο του νησιού αλλά και μεγάλου μέρους του τότε γνωστού κόσμου. Οι κάτοικοι σκόρπισαν σε άλλα μέρη του νησιού ή εξοντώθηκαν από πειρατές που εκείνα τα χρόνια ρήμαζαν το νησί με τις συχνές επιδρομές τους.
Στην περιοχή αρχίζει να κτίζεται νέος οικισμός στο τέλη του 10ου αιώνα, από Έλληνες που είχαν την καταγωγή τους στην Μ. Ασία. Ονομάζουν τον οικισμό τους Κουβούκλια και ασχολούνται κυρίως με την γεωργία και την καλλιέργεια ζαχαροκάλαμου.
Λίγο αργότερα και όταν οι Φράγκοι ενοικιάζουν το νησί από τον Ριχάρδο τον Λεοντόκαρδο το 1192, στο νοτιότερο άκρο του λόφου όπου βρισκόταν το Ιερό της Αφροδίτης έκτισαν διοικητικό κέντρο, αποθήκες, μύλους ζαχάρεως και διάφορα άλλα βοηθητικά κτίρια. Για την οικοδόμηση τους χρησιμοποίησαν πέτρες από το ήδη κατεστραμμένο Ιερό της Θεάς.
Η κάπως βιομηχανοποίηση της παραγωγής και εμπορίας ζαχάρεως, επέτρεψε την καλλιέργεια μεγαλύτερων εκτάσεων με ζαχαροκάλαμο, που αποτέλεσμα είχε την προσέλκυση μεγαλύτερου αριθμού κατοίκων και ταυτόχρονη κατακόρυφη αύξηση των εσόδων για την πόλη αλλά και μία ανθηρή οικονομία για τους κατακτητές.
Οι Φράγκοι συνεχίζουν να εκμεταλλεύονται την περιοχή σε συνεργασία με τους Ενετούς που το 1489 είχαν καταλάβει κάποιες πόλεις του νησιού και το εγκαταλείπουν οριστικά όταν πλέον ήταν πασιφανές ότι η Κύπρος θα περνούσε στα χέρια των Οθωμανών. Αυτό έγινε πραγματικότητα το 1571.
Οι Οθωμανοί μετέτρεψαν τα Φράγκικα κτίσματα σε στρατιωτικό διοικητήριο, πρόσθεσαν πολλές αίθουσες περιμετρικά και στο μέσο άφησαν μεγάλη αυλή έτσι ώστε το νέο κτίσμα να φαίνεται περισσότερο σαν φρούριο. Οι Οθωμανοί δεν ενδιαφέρθηκαν για την παραγωγή ζαχάρεως και έτσι το χωριό άρχισε να φθίνει και σε λίγα χρόνια μετατράπηκε σε ένα μικρό και πολύ πτωχό οικισμό.
Τα Μεσαιωνικά κτίσματα και όταν η Οθωμανική αυτοκρατορία κόντευε στο τέλος της, δωρίθηκαν σε Τούρκο αξιωματούχο, ο οποίος τα μετατρέπει σε έπαυλη και μόνιμη κατοικία για τον ίδιο και την οικογένεια του. Στο μέσο του 20ου αιώνα, ο Άγγλος κυβερνήτης του νησιού, υπογράφει την κατάσχεση του χώρου και η έπαυλη και ο χώρος του Ιερού της Αφροδίτης περνά στα χέρια των Άγγλων.
Μετά την ανεξαρτησία του νησιού και αφού μεσολάβησαν ανασκαφές μετατρέπονται δύο από τις αίθουσες σε μουσεία, τα οποία φιλοξενούν σπουδαία ευρήματα για τις πιο μεγάλες περιόδους της περιοχής.
Παρόλο που όλα τα εκθέματα είναι από σημαντικά έως πολύ σημαντικά για την ιστορία του νησιού, υπάρχει κάποιο το οποίο ακόμη και σήμερα προσελκύει χιλιάδες επισκέπτες από όλο τον κόσμο ακόμα και από την μακρινή Κίνα, συμβάλλοντας έτσι στην οικονομική ευμάρεια του χωριού.
Πρόκειται για την Ιερή πέτρα της Αφροδίτης. Μία τεράστια κωνική πέτρα σε μαυροπράσινο χρώμα που σφυρηλατήθηκε από την λάβα στον κρατήρα των υποθαλάσσιων ηφαιστείων και η οποία αναδύθηκε μαζί με το νησί από τα βάθη της Τηθύος κατά την διαδικασία «γέννησης» του. Η είσοδος στα δύο μουσεία είναι δωρεάν, αφού αποτελούν μέρος του αρχαιολογικού χώρου, στον οποίο για να εισέλθετε θα πρέπει να πληρώσετε ένα πολύ μικρό αντίτιμο.
Επίσης σημαντική και πανέμορφη είναι η τεράστια Γοτθική αίθουσα , που η αρχιτεκτονική της, ο φωτισμός της αλλά και η ιστορία που φέρει μαζί της την καθιστούν σαν την ιδανικότερη αίθουσα για φωτογραφικές αλλά και ζωγραφικές εκθέσεις. Παραχωρείται δωρεάν, αρκεί ο επισκέπτης να πληρώσει την τιμή εισόδου στον αρχαιολογικό χώρο.
Δωρεάν είσοδο έχουν οι μαθητές , οι φοιτητές και μειωμένο κατά 50% οι πολύτεκνες οικογένειες. Οι υπόλοιπο θα πρέπει να πληρώσουμε ένα πραγματικά εξευτελιστικό, αν αναλογιστούμε την ιστορική αξία του χώρου, ποσό που φθάνει τα 4.50 ευρώ. Αλήθεια για είσοδο σε μουσεία του εξωτερικού, που δεν έχουν την αξία του Ιερού της Αφροδίτης, πληρώνουμε 25-50 ευρώ και δεν μεμψιμοιρούμε.
Η Μεσαιωνική Έπαυλη (σε κάποιες από τις αίθουσες της) και τα μουσεία δεν παρέχουν πρόσβαση σε αναπηρικά τροχοκαθίσματα. Σύμφωνα με την διάταξη των οικοδομημάτων αν στο τμήμα αρχαιοτήτων δοθεί η κατάλληλη στήριξη αυτό είμαστε σίγουροι ότι μπορεί να αλλάξει. Θέληση χρειάζεται.
